Návrh na udělení čestného členství doložený nejméně dvaceti podpisy členů může podat hlavnímu výboru kterýkoli člen Společnosti. Čestné členy volí nadpoloviční většinou valné shromáždění v tajné volbě.
Čestní členové České botanické společnosti
- Dr. Siegfried Bräutigam
- doc. RNDr. Viera Feráková, CSc.
- prof. Dr. Manfred A. Fischer
- doc. RNDr. Vít Grulich, CSc. (†)
- prof. RNDr. František Hindák (†)
- doc. RNDr. Lubomír Hrouda, CSc.
- RNDr. Ivan Jarolímek, CSc.
- prof. ing. Jan Jeník, CSc. (†)
- RNDr. Ján Kliment, CSc.
- RNDr. František Kotlaba (†)
- prof. RNDr. Jiří Komárek
- prof. RNDr. František Krahulec, CSc.
- doc. RNDr. Karel Kubát, CSc.
- doc. RNDr. Jarmila Kubíková
- RNDr. Jan Květ, CSc., dr.h.c.
- RNDr. Oldřich Lhotský (†)
- prof. Eddy van der Maarel (†)
- RNDr. Zdenka Neuhäuslová (†)
- prof. Dr. Harald Niklfeld (†)
- prof. RNDr. Karel Prach, CSc.
- doc. RNDr. Antonín Pyšek, CSc. (†)
- prof. RNDr. Petr Pyšek, CSc.
- prof. Marcel Rejmánek
- prof. RNDr. Milena Rychnovská, DrSc.
- doc. RNDr. Vladimír Řehořek (†)
- RNDr. Bohdan Slavík, CSc. (†)
- RNDr. Jaromír Sofron (†)
- RNDr. Milan Valachovič, CSc.
- prof. RNDr. Jiří Vicherek, CSc. (†)
- prof. Adam Zajac
