Společnost se člení na pobočky, sekce a pracovní skupiny.
Pobočky ČBS jsou zakládány za účelem provádění regionální botanické činnosti, nezávisle na správním členění ČR – v současné době fungují 4 pobočky v Čechách (Severočeská, Východočeská, Jihočeská a Západočeská) a 2 pobočky na Moravě a ve Slezsku (Moravskoslezská a Jihomoravská).
Sekce a pracovní skupiny jsou zaměřeny na určité odvětví botaniky – v současné době fungují 3 sekce (bryologicko-lichenologická, dendrologická a floristická) a Pracovní skupina pro studium makrofyt vod a mokřadů.
