Botanické zahrady udržují kolekce rostlin z celého světa, a dávají tak možnost získat pro vědecké bádání bohatý rostlinný materiál. Snad ještě větší význam nabývají v posledních desetiletích botanické zahrady v ochraně genofondu. Botanické zahrady ČR stupňují své úsilí v tomto směru a  zlepšují podmínky pro úspěšnou dlouhodobou kultivaci ohrožených druhů rostlin se známým původem. Sdílejí tyto sběry mezi sebou, vyměňují si poznatky o způsobech jejich pěstování, budují biotopové expozice prezentující problematiku ochrany přírody veřejnosti.

Archeobotanika se zabývá analýzou rostlinných makrozbytků (nejčastěji semen a plodů) nalezených v archeologických kontextech. Většinu makrozbytků je možné na základě jejich tvaru (s použitím atlasů a srovnávacích sbírek) přiřadit konkrétnímu taxonu. Vzhledem k tomu, že archeologicky zkoumané lokality se ve většině případů vážou na místa spojená s lidskou aktivitou, jsou archeobotanická data ideálním zdrojem informací pro poznání historie synantropní vegetace.

I botanici jsou často překvapeni, jak vypadá konkrétní druh rostliny pod zemí. Podzemní orgány jsou „neviditelné“ a dá dost práce je zviditelnit. Nikdo nepochybuje o jejich významu, přesto je málo badatelů, kteří se jim věnují, natož těch, kteří by nám ukázali, jak kořeny vypadají.

Analýzy obsahu uhlíku (C) a dusíku (N) v listech a obsahu jejich stabilních isotopů v opakovaně sbíraných vzorcích rostlinných pletiv mohou poskytnout informace o ekofyziologických procesech v rostlinách a o změnách těchto procesů v čase. Analyzovali jsme proto vzorky deseti druhů cévnatých rostlin opakovaně sbíraných během posledních dvou století na pěti lokalitách v České republice. Tyto vzorky jsme získali z jedenácti českých a polských veřejných i soukromých herbářů (BRNM, BRNU, CB, herb. L.

Prvý inštitucionálny herbár v Košiciach vznikol pravdepodobne koncom 19. storočia na pôde semenárskej stanice Kráľovského uhorského semenárskeho kontrolného ústavu v Budapešti a v Košiciach, ktorá bola založená v roku 1884. V tomto herbári sa sústreďovali zbery divorastúcich rastlín z okolia Košíc a východného Slovenska, medzi ktorými sú aj exsikáty zberateľov Degena, Thaisza a neskoršie Deyla, ale aj zbery z pokusných políčok Ústavu pre kontrolu semien (pôvodne vyššie uvedená semenárska stanica), včleneného roku 1920 do Štátnych výskumných ústavov poľnohospodárskych.

Vedný odbor Biodiversity Informatics (zahŕňajúci informatické aplikácie v štúdiu biodiverzity) je u nás aspoň pod týmto označením pomerne neznámy, hoci v celosvetovom meradle je už dobre zavedený a to nielen v rámci univerzitných študijných programov ale aj v bežnej praxi. S produktmi tohto vedného odboru, ktoré vznikli väčšinou ako výsledok veľkých medzinárodných projektov alebo aktivít veľkých botanických inštitúcií, sa však stretávame v každodennej botanickej praxi.

DALIBor neboli DAtabase of LIchens and Bryophytes funkčně navazuje na koncept všeobecně známé databázové aplikace Pladias, která je určena pro cévnaté rostliny.

Přehled vegetačních tříd Evropy v kombinaci s údaji o fylogenetických vztazích mezi jednotlivými druhy cévnatých rostlin nám umožňuje studovat fylogenetickou diverzitu rostlinných společenstev Evropy, a tak porozumět procesům, které jsou zodpovědné za současné taxonomické složení těchto společenstev.

Výzkum květeny má v České republice dlouhou tradici. Přestože floristický průzkum přinesl obrovské množství údajů o rozšíření rostlin, tato data jsou převážně v knihách, časopisech, dílčích databázích nebo v podobě herbářových sběrů, což znesnadňuje jejich efektivní využívání. Dosud proto není k dispozici ani žádné souborné dílo s mapami rozšíření českých rostlin a více než polovina druhů dosud nebyla mapována vůbec.

Evropský vegetační archiv (EVA) je centralizovaná evropská databáze fytocenologických snímků vytvořená pracovní skupinou IAVS European Vegetation Survey. Tato databáze je plně funkční od roku 2014. Uchovává kopie národních a regionálních fytocenologických databází v jednotném formátu programu TURBOVEG 3.