Prvý inštitucionálny herbár v Košiciach vznikol pravdepodobne koncom 19. storočia na pôde semenárskej stanice Kráľovského uhorského semenárskeho kontrolného ústavu v Budapešti a v Košiciach, ktorá bola založená v roku 1884. V tomto herbári sa sústreďovali zbery divorastúcich rastlín z okolia Košíc a východného Slovenska, medzi ktorými sú aj exsikáty zberateľov Degena, Thaisza a neskoršie Deyla, ale aj zbery z pokusných políčok Ústavu pre kontrolu semien (pôvodne vyššie uvedená semenárska stanica), včleneného roku 1920 do Štátnych výskumných ústavov poľnohospodárskych.

Vedný odbor Biodiversity Informatics (zahŕňajúci informatické aplikácie v štúdiu biodiverzity) je u nás aspoň pod týmto označením pomerne neznámy, hoci v celosvetovom meradle je už dobre zavedený a to nielen v rámci univerzitných študijných programov ale aj v bežnej praxi. S produktmi tohto vedného odboru, ktoré vznikli väčšinou ako výsledok veľkých medzinárodných projektov alebo aktivít veľkých botanických inštitúcií, sa však stretávame v každodennej botanickej praxi.

DALIBor neboli DAtabase of LIchens and Bryophytes funkčně navazuje na koncept všeobecně známé databázové aplikace Pladias, která je určena pro cévnaté rostliny.

Přehled vegetačních tříd Evropy v kombinaci s údaji o fylogenetických vztazích mezi jednotlivými druhy cévnatých rostlin nám umožňuje studovat fylogenetickou diverzitu rostlinných společenstev Evropy, a tak porozumět procesům, které jsou zodpovědné za současné taxonomické složení těchto společenstev.

Výzkum květeny má v České republice dlouhou tradici. Přestože floristický průzkum přinesl obrovské množství údajů o rozšíření rostlin, tato data jsou převážně v knihách, časopisech, dílčích databázích nebo v podobě herbářových sběrů, což znesnadňuje jejich efektivní využívání. Dosud proto není k dispozici ani žádné souborné dílo s mapami rozšíření českých rostlin a více než polovina druhů dosud nebyla mapována vůbec.

Evropský vegetační archiv (EVA) je centralizovaná evropská databáze fytocenologických snímků vytvořená pracovní skupinou IAVS European Vegetation Survey. Tato databáze je plně funkční od roku 2014. Uchovává kopie národních a regionálních fytocenologických databází v jednotném formátu programu TURBOVEG 3.

Databáze Pladias, dostupná online na portálu www.pladias.cz, byla vytvořena v rámci stejnojmenného projektu Grantové agentury ČR (PLant DIversity Analysis and Synthesis) v letech 2014–2018.

Nálezová databáze ochrany přírody (NDOP) s více než 24,7 miliony záznamů (z nich je 73 % cévnatých rostlin) představuje nejrozsáhlejší databázi druhové diverzity České republiky.

Sbírky v botanických zahradách představují dosud málo využívaný zdroj pro komparativní ekologii druhů. Jejich velkou výhodou je, že zahrnují velký počet druhů pěstovaných v podobných podmínkách a zahradníci často velmi dobře znají chování těchto druhů (což profesionálním ekologům často schází). Na druhé straně sbírky obvykle zahrnují jen jeden nebo několik málo genotypů (někdy i úmyslně sbíraných netypických rostlin), navíc často udržovaných v kultuře poměrně dlouhou dobu (s nejasnými následky pro jejich genetickou i negenetickou variabilitu).

Rostlinná společenstva se mění na různých časových škálách a botanické archivy a databáze jsou vhodným zdrojem informací o této změně. Pokud chceme zjistit dlouhodobou změnu biodiverzity, druhového složení a odvozených vlastností vegetace, můžeme využít historické fytocenologické snímky. Opakované snímky se dnes využívají celosvětově k posouzení změn biodiverzity vegetace a na ni působících vlivů – obecně mluvíme o globální změně, ačkoli bezprostřední procesy se odehrávají přímo na úrovni konkrétních společenstev.